主管貿易的政府部門為外貿部及經濟、工業和商業部。此外，隸屬外貿部的外貿協會（PROCOMER）負責貿易促進事務，業務涵蓋調研和信息、加強出口能力、出口促進、貿易便利和投資便利五大領域。
二、貿易法規體系
貿易法規很多，主要法規是《貿易法》（第3284號法律）。該法于1964年5月27日生效，分別對公司形式和管理；義務及合同；證券、匯票、背書、審計、支票、信用證；公司破產及債權；時效期等方面做了規定。
哥斯達黎加在進口方面還有以下規定：
（1）海關手續。哥斯達黎加是世界海關組織成員國，其海關法律框架基于中美洲海關統一代碼（CAUCA III），包括《海關總法》（1995年10月20日第7557號法律）和海關總法修正條例（分別包含在2003年8月18日第8373號法律和2005年9月21日第8458號法律中）。
（2）海關估值。根據2000年9月5日第8013號法律，哥斯達黎加實行WTO[微博]海關估值協議（CVA），并在2004年10月7日頒布的第32082-COMEX-H執行條例中加入了中美洲海關貨物估值法規的部分內容。
（3）原產地規則。哥斯達黎加作為中美洲共同體成員適用原產地優惠政策，并對加拿大、智利、多米尼加、墨西哥、巴拿馬等國產品在貿易協定范圍內適用原產地優惠政策。
（4）關稅。哥斯達黎加關稅由兩部分組成：一是進口稅，其政策框架是中美洲關稅體系，采用HS分類代碼，2007年1月1日起采用新版HS修正案；二是根據第6946號法律實行的1%的附加稅。
（5）進口許可、限制及禁止。2001年哥斯達黎加依據第7473號法律取消了進口許可。2003年實施《進口關稅配額分配總法》，2005年2月8日進行了修訂。
（6）反傾銷、反補貼、貿易防護。相關的法律框架基于WTO規定及24868-MEIC法令。2002年8月12日第30637-MEIC法令規定了不公平貿易及防護措施辦公室的職能。
（7）技術標準。2002年5月21日哥斯達黎加實施質量體系法（第8279號法律）。
（8）檢驗檢疫。《植物檢疫法》（第7664號法律）；《動物安全保護法》（第8495號法律）于2006年6月16日實施。
在出口方面主要有以下規定：
（1）最低出口價。2005年12月12日通過第32837-MAG-MEIC-COMEX法律對香蕉實行最低出口價。第2762號法律對咖啡出口實行稅收優惠價。1996年2月5日第7575號法律（《森林法》）規定了未加工原木出口的最低價計算方式。
（2）出口禁止及限制。1996年2月13日，第7575號法律禁止出口特殊種類的原木和木材。
（3）出口稅率優惠。1990年11月23日第7210號法律（《免稅區體系法》）、2001年6月18日第29606-H-COMEX執行條令、1995年10月20日第7557號法律（《海關總法》）和1996年6月28日第25270-H執行條令。
（4）出口促進法。1972年12月22日第5162號法律。
（5）出口融資。1981年12月22日第244號法律包含了哥斯達黎加中央銀行對于出口融資及出口前費用融資的相關規定。
（6）出口激勵。1992年3月31日第7293號法律規定了相關出口免稅政策。
三、貿易管理的相關規定
哥斯達黎加依據對WTO農產品(27.62, 1.01, 3.80%)協議和部分多邊自貿協定承諾實行關稅配額，主要針對雞肉（美國、加拿大、巴拿馬、多米尼加）、豬肉（美國、中國、巴拿馬）、火腿腌肉（歐盟）、牛奶和奶制品（歐盟、美國、巴拿馬、多米尼加）、預制肉類（歐盟）、大米、土豆、洋蔥（美國）以及黑豆（中國）。具體信息和操作指南可參見哥外貿部網站：www.comex.go.cr/tramites_servicios/contingentes.aspx。
在進口方面，哥斯達黎加于2004年12月取消了所有的進口許可證及相關手續，僅在動植物檢疫和環保等方面保留特殊要求。哥斯達黎加禁止進口武器、軍火、廢輪胎和血液。
在出口方面，哥斯達黎加依據“瀕危野生動植物物種國際貿易大會”、“控制有害廢棄物跨國轉移及其處理巴塞爾大會”、“關于危害臭氧層物質的蒙特利爾條約”的規定，對涉及文化、藝術、考古和歷史遺產的物品限制出口。
四、進出口商品檢驗檢疫
哥農畜牧業部下轄全國植物保護所（SFE）和全國動物安全防護所（SENASA）。衛生部主管食品安全。
根據《植物檢疫法》及第32994號執行條例規定，全國植物保護所（SFE）負責植物保護、植物及植物產品的進出口、頒發植物檢疫證書、所有農用化學或生物產品的注冊和審批。SFE還有權禁止進口有潛在危害的上述貨品或制品，并對農用轉基因產品的貿易和使用加以控制。
依據《動物安全保護法》規定，全國動物安全防護所（SENASA）負責動物安全、動物疾病防控和追溯、肉制品安全、動物飼料、獸藥、轉基因產品、有害物殘留檢驗等，并有權禁止進口有潛在危害的上述貨品或制品。
衛生檢疫工作在邊境、海關或其他由農畜牧業部指定的地點進行。植物性及動物性產品均須接受檢驗檢疫。植物、植物制品、植物性副產品、動物、動物制品、動物性副產品在進口至哥斯達黎加時必須有由原產國相關機構簽發的植物檢疫或動物檢疫證書。所有進口的轉基因產品不僅要符合對進口產品的所有要求，還必須獲得生物安全委員會的認證。
哥斯達黎加在所有的雙邊或地區性貿易協定中均加入了動植物檢驗檢疫條款。這些條款以WTO關于動植物檢驗檢疫協議為參考并加以擴充。
五、海關管理規章制度
哥斯達黎加根據中美洲關稅體系（SAC）對進口商品進行分類。哥斯達黎加的關稅分為進口稅和附加稅。附加稅的征收依據是第6946號法律，稅率為1%，適用于所有進口貨物，只有少數例外（如：自貿協定涵蓋的進口商品、WTO關于信息技術協議的商品、受惠于第6695號出口加工區法案的商品、醫療手術設備及藥品等）。除需特殊許可才能進口的部分動植物產品、醫療產品和食品外，絕大部分商品進口關稅為從價稅，適用于CIF價。