衛生檢疫工作在邊境、海關或其他由農畜牧業部指定的地點進行。植物性及動物性產品均須接受檢驗檢疫。植物、植物制品、植物性副產品、動物、動物制品、動物性副產品在進口至哥斯達黎加時必須有由原產國相關機構簽發的植物檢疫或動物檢疫證書。所有進口的轉基因產品不僅要符合對進口產品的所有要求，還必須獲得生物安全委員會的認證。

　　哥斯達黎加在所有的雙邊或地區性貿易協定中均加入了動植物檢驗檢疫條款。這些條款以WTO關于動植物檢驗檢疫協議為參考并加以擴充。

　　五、海關管理規章制度

　　哥斯達黎加根據中美洲關稅體系（SAC）對進口商品進行分類。哥斯達黎加的關稅分為進口稅和附加稅。附加稅的征收依據是第6946號法律，稅率為1%，適用于所有進口貨物，只有少數例外（如：自貿協定涵蓋的進口商品、WTO關于信息技術協議的商品、受惠于第6695號出口加工區法案的商品、醫療手術設備及藥品等）。除需特殊許可才能進口的部分動植物產品、醫療產品和食品外，絕大部分商品進口關稅為從價稅，適用于CIF價。

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